Thời gian thu hoạch tổ yến tốt nhất là 9h00 -15h00, đó là lúc chim yến đi kiếm mồi. 

Dựa theo tập tính loài chim yến, có thể có 3 thời điểm thu hoạch tổ Yến:

- Đầu tiên: là lúc chim xây tổ xong nhưng chưa kịp đẻ trứng. Chim bố mẹ sau đó sẽ xây lại tổ khác để đẻ trứng.

- Thứ hai: là lúc trứng còn chưa kịp nở, nhưng thu hoạch theo cách này sẽ làm giảm số lượng Yến.

- Thứ ba: là thu hoạch sau khi chim con đã rời tổ. Lúc này tổ Yến to, không gây ảnh hưởng đến số lượng loài Yến.

Lưu ý: Đội ngũ thu tổ phải có tâm và kỹ thuật chuyên môn cao để nhận diện tổ yến, áp dụng phương pháp thu hoạch phù hợp để đảm bảo không ảnh hưởng tới quá trình sinh sản và tăng trưởng đàn yến.